Từ ngày thành lập trường (9/2004) đang cùng chung  với trường cấp 2 Bù Nho.  Đến  đầu  năm học 2007 trường trung học phổ thông Nguyễn Khuyến chính thức được tách ra từ trường cấp 2- 3 Bù Nho. Cùng với quá trình đó, tổ Lịch Sử được tách ra từ tổ Sử - Địa  theo  quyết định của trường.